在工程建设领域，履约保证金是发包人与承包人之间约定的一种保证履约义务的担保方式。随着工程的进展，履约保证金往往会经历收取、扣留、退还等不同阶段。当合同顺利履行完毕，履约保证金就应该及时进行清理。
履约保证金，是指合同当事人为了确保合同的履行，由一方或双方提供一定数额的资金或财产，以担保合同的履行，并约定在履行完成后或发生特定条件时返还的保证金。在工程建设领域，履约保证金是发包人（业主）为确保承包人（施工方）按时、按质、按量完成承包合同，由承包人提供一定数额的资金或银行保函，在承包人履行合同义务后，发包人应在规定期限内退还或解除冻结的保证金。
《中华人民共和国担保法》第九十二条规定：“保证担保的范围包括主债权及利息、违约金、损害赔偿金和实现担保权利的费用。当事人对保证担保的范围没有约定或者约定不明确的，保证人应当对全部债务承担责任。”由此可见，保证担保的范围是有限的，保证担保的范围只包括合同中明确约定的内容。在工程建设领域，履约保证金一般是保证承包人按照合同约定完成施工任务，因此，在承包人履行了合同约定的义务后，履约保证金就应该及时清理。
根据《担保法》第八十一条规定，保证期间，债权人不得要求保证人承担保证责任。保证期间届满，保证人免除保证责任。因此，履约保证金的清理需要满足以下条件：
保证期间届满：保证期间是保证人承担保证责任的有效期限。根据《担保法》第十八条规定，保证期间可以约定，但约定的保证期间不得超过主合同规定的债务履行期限。如果没有约定或者约定不明，按照约定或者法律、行政法规规定的主合同债务履行期限届满之日起六个月为保证期间。
承包人履行了合同义务：履约保证金的设立是为了确保承包人按照合同约定履行义务，因此，承包人履行了合同义务是履约保证金清理的必要条件。
没有其他约定：如果合同双方对履约保证金的退还条件有其他约定，应按照约定执行。
当满足上述条件后，履约保证金清理一般需要经过以下程序：
发包人确认：发包人应确认承包人是否已经按照合同约定履行了义务，包括施工质量、进度、安全文明施工等方面。
申请退还：承包人应向发包人提交书面申请，申请退还履约保证金，并提供必要的资料和证据，证明其已经履行了合同义务。
发包人审核：发包人应在收到承包人申请后，及时对承包人提供的资料和证据进行审核，确认承包人是否已经按照合同约定履行了义务。
退还履约保证金：发包人确认承包人已经按照合同约定履行了义务后，应在规定期限内退还履约保证金。
在履约保证金清理过程中，双方应注意以下事项：
及时清理：当承包人履行了合同义务后，发包人应及时清理履约保证金，不得无故拖延。
充分沟通：在履约保证金清理过程中，双方应保持充分沟通，避免因信息不对称而产生纠纷。
严格审核：发包人应严格审核承包人提供的资料和证据，确保承包人已经按照合同约定履行了义务。
依法依规：履约保证金清理应严格按照合同约定和法律法规进行，不得违反法律法规的规定。
某工程项目，承包人在工程完工后，向发包人申请退还履约保证金，但发包人以承包人存在质量缺陷为由拒绝退还。承包人则认为，工程已经完工，且质量缺陷不影响工程整体功能，要求发包人退还履约保证金。
分析：该案例中，承包人是否能够申请退还履约保证金，关键在于判断承包人是否已经按照合同约定履行了义务。根据《担保法》的相关规定，保证担保的范围是有限的，保证人只对合同中明确约定的内容承担保证责任。因此，需要判断承包人是否按照合同约定完成了施工任务，以及质量缺陷是否影响了承包人履行合同义务。
如果承包人按照合同约定完成了施工任务，且质量缺陷不影响工程整体功能，承包人可以要求发包人退还履约保证金。如果承包人没有按照合同约定完成施工任务，或者质量缺陷影响了工程整体功能，发包人可以拒绝退还履约保证金，并要求承包人承担相应的违约责任。
综上所述，履约保证金是工程建设领域确保承包人履约的重要手段，其清理是履约保证金生命周期的重要组成部分。履约保证金的清理需要严格按照法律法规和合同约定进行，及时、充分的沟通和严格审核是避免纠纷的关键。同时，履约保证金清理也需要双方的相互理解和配合，共同促进工程建设行业的健康发展。
